Если вы используете недавний openjdk, он в основном должен иметь доступ к тем же шрифтам, что и другие приложения (eclipse обладает внутренним преимуществом, поскольку он использует gtk, собственный набор инструментов для виджетов linux, через swt, и gtk знает, где установлены шрифты linux ).
Собственные java-интерфейсы, такие как intellij, зависят от того, насколько хорошо jvm интегрирован с системными текстовыми стеками, что не очень хорошо для чего-либо