Чтобы получить рабочий каталог, jar был запущен из:
System.getProperty("user.dir")
Это может быть не обязательно там, где находится банка, поскольку вы можете сделать java -jar path/to/jar
. Если вы хотите каталог, в котором находится банка, попробуйте:
MyClass.class.getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation()
Это даст вам путь к файлу jar, содержащему этот класс.