Pythonic способ работать с аргументами командной строки - это использовать модуль в комплекте со стандартной библиотекой Python.
И после того, как вы передадите аргументы, приложение получит их и проанализирует их в определенном порядке (посмотрите исходный код pip, если онважно для вас).
Некоторые действия могут быть отложены после синтаксического анализа, но они имеют строгий порядок.
Порядок не важен, и оба примера всегда будут работать одинаково (если не произойдет какая-либо ошибка).