Это можно сделать, изменив файл .csproj, чтобы он автоматически включал файлы определенного шаблона, например,
<ItemGroup>
<Compile Include="GeneratedPartialClasses\*.cs" />
</ItemGroup>
Обратите внимание, что Visual Studio также будет загружать эти файлы как часть вашего проекта, поэтому вы можетенужно быть осторожным, чтобы эти сгенерированные файлы не были случайно возвращены в систему контроля версий.