Если вы используете Webdriver, то элемент, который вы ищете, выбран.
Часто при визуализации флажка фактически не применяется проверенный атрибут, если он не указан.
Итак, что бы вы искали в Selenium Webdriver, это
isChecked = e.findElement(By.tagName("input")).Selected;
Поскольку в Java API WebDriver нет Selected, приведенный выше код должен выглядеть следующим образом:
isChecked = e.findElement(By.tagName("input")).isSelected();