Автоматизация другого приложения - это весело, но не тривиальная задача. Есть несколько вариантов, но я думаю, что большинство из них выходит за рамки ваших возможностей. Можно было бы программно взять на себя мышь и клавиатуру и через эти каналы управлять программой. Другим способом было бы манипулировать памятью. Как я уже сказал, ни один из них не тривиален в реализации и очень легко ломается, если приложение обновлено.
Я бы предложил вместо того, чтобы пытаться автоматизировать приложение, чтобы найти точки нанесения. Есть ли какие-либо конечные точки обслуживания, которые вы могли бы автоматизировать и достичь того же результата? какой API или dll используется приложением, которое вы могли бы использовать вместо этого?
Если вам действительно нужно автоматизировать приложение, для этого существует несколько сред (обычно для тестирования). Единственный, кого я могу обдумать прямо сейчас, - это Ассима, предназначенный для тренировок.