Плохие новости - вы не можете использовать Jquery, если это не указано в документе. Таким образом, вам придется загрузить его в любом случае.
Нет ничего страшного в том, чтобы включить вызов jquery в оба документа. У меня есть несколько клиентов, которые составляют часть приложения моей компании для автоматизации маркетинга (в которое он включен), а также имеют Jquery, включенный в родительский документ, и это прекрасно работает без каких-либо конфликтов. С точки зрения загрузки, если вы правильно настроили, попадание будет незначительным из-за кэширования. Итак, включи прочь.
Практическое правило для iFrames ... воспринимайте их как отдельные страницы на вашей странице. Да, в некоторых случаях все переносится, но модель происхождения документа предотвращает пересечение таких вещей, как CSS, между родителем и потомком.