Насколько мне известно, это невозможно сделать из командной строки, поскольку команда mysql не поддерживает прокси-соединения.
Если и клиент, и сервер находятся на машине UNIX, и один из них доступен извне, я предлагаю использовать туннель SSH. Это в основном безопасное туннелируемое TCP-соединение, которое можно использовать для чего угодно, а локальная команда mysql может легко подключиться к туннельному порту.
Если это не вариант, вы можете написать какой-нибудь исполняемый файл оболочки. Например, в Java и Ruby есть библиотеки, которые позволяют вам общаться с прокси-серверами SOCKS и подключать эти сокеты к реализации протокола MySQL или JDBC. То, что происходит потом, полностью зависит от того, что вы запланировали дальше.