Я видел это также для связки шрифтов otf.
Мой файл данных был странным образом сохранен.В моем каталоге проекта у меня было:
./Model.xcdatamodeld/Model.xcdatamodeld/contents
т.е. дублированные каталоги
Я сделал командную строку SVN только для внутренней папки, то есть
cd ./Model.xcdatamodeld; svn ci Model.xcdatamodeld
Он добавилвнутренний каталог и файл содержимого,?исчез в XCode и совершил нормально.Не понимаю, как могут быть проблемы с вложенными каталогами, но у меня это сработало.