Ну, вы можете разделить PDF-файлы в отдельный репозиторий и использовать что-то вроде gitslave или git-submodules, чтобы связать два проекта вместе.
Одним из расширений этой идеи является то, что при использовании git-submodules (не gitslave) вы можете сделать «другой репозиторий» локальным репозиторием в другой ветке (я не вижу, как git мог расскажите об этом помимо какого-либо другого случая - за исключением, возможно, блокировки, если вы фактически используете то же репо, а не клонируете из основного апстрима).
Конечно, с git-submodules у вас могут возникнуть (или не возникнуть) проблемы с объединением SHA репозитория pdf. Гитслав не имел бы этой проблемы.