В моей системе я добавил свой путь включения PHP в глобальный путь включения Netbeans.
Сервис -> Параметры -> Вкладка PHP
Как правило, если класс находится в том же проекте, ссылка будет доступна, когда Netbeans сканирует весь проект.
Я использую Netbeans 6.5, поэтому на данный момент могу предположить, что это бета-версия.
У вас необычная структура папок или странное имя класса?