Нет, файлы не меняются. Только условности их редактирования.
Что может измениться, так это структура файловой системы и метаданные, используемые для каталогизации и составления списка каталогов и т. Д. (Т. Е. Метки времени). Кроме того, файлы, естественно, будут зашифрованы в зашифрованной файловой системе, но сложности файловой системы почти всегда прозрачны для приложения, считывающего файл через системные вызовы (они будут актуальны, если вы пишете средство изменения размера раздела или другой низкоуровневый дисковый инструмент).
Для пояснения, в ОС Linux нет ничего, что требует vim или emacs для использования соглашения Unix. На самом деле многие редакторы и приложения могут обнаружить кодирование новой строки и адаптироваться. Как обрабатывать файлы, это зависит от программного обеспечения, а не от ОС.