Если вы добавите его как объект (с wmode), а не как iframe, то, похоже, он отлично работает в Chrome (к вашему сведению, я могу подтвердить, что он не работал правильно в моей версии Chrome: Windows 7, Chrome 16 ). Попробуйте это:
<div id="objectContainer">
<object id="pdfObject" data="http://mirror.hmc.edu/ctan/macros/latex/contrib/pdfpages/dummy.pdf" type="application/pdf" width="600" height="500" style="z-index:1" wmode="opaque">
alt : <a href="test.pdf">test.pdf</a>
</object>
</div>
<iframe id="emptyIframe" src="about:blank" frameborder="0">something</iframe>
<div id="menu">
Menu
</div>
Это также работает в Firefox. Однако у вас могут возникнуть проблемы с IE. Я рекомендую вам сделать так, чтобы браузер на стороне сервера обнаруживал, а затем выводил либо встроенный объект, либо iframe в зависимости от браузера.