Я не уверен, что моя проблема была точно такой же, но, по крайней мере, она была похожей. Сообщение об ошибке было таким же. После долгих поисков я, наконец, понял, что пошло не так, и оглядываясь назад, на самом деле было очевидной ошибкой.
Единственное, что мне нужно было сделать, это добавить следующую строку в функцию __constructor пользовательского класса:
$this->groups = new \Doctrine\Common\Collections\ArrayCollection();
Возможно, это не было решением OPers, но, возможно, оно может помочь кому-то еще!