Если у вас есть 2 совершенно разных хранилища, у вас есть 2 совершенно разных хранилища. Таким образом, код копируется и не имеет отношения (в терминах SVN) к оригиналу. Представьте, что ваш второй репозиторий был размещен на googlecode, вы поняли.
Это не мешает вам слиться как обычно с использованием SVN, когда svn сливается, он применяет изменения, внесенные в одну ревизию, к цели. Не имеет значения, из какого репозитория исходный код читается, поэтому вы можете с радостью использовать функциональность слияния диапазона ревизий для применения изменений в репозиториях. Что вы теряете, так это mergeinfo, поэтому вы не можете использовать 2-й код репо в качестве ответвления от 1-го, что означает, что вы не можете выполнять реинтеграцию слияний или аналогичных объектов, для которых требуется mergeinfo. (или, по крайней мере, я думаю, что я прямо здесь - вы можете попробовать и посмотреть, если я не прав!)