Это выглядит вопреки тому, что говорится в документации, это абсолютная координата, а не смещение.
Я попробовал это, и это сработало, как и ожидалось, если вы думаете о координатах как об абсолютной координате с 1,1 (или 0,0) начиная с верхнего левого угла окна.
from Xlib import X, display
import time
d = display.Display()
s = d.screen()
root = s.root
root.warp_pointer(500,500)
d.sync()
time.sleep( 5 )
root.warp_pointer(250,250)
d.sync()
time.sleep( 5 )
root.warp_pointer(100,100)
d.sync()
time.sleep( 5 )
root.warp_pointer(250,250)
d.sync()