Я совершенно уверен (? Эээ ...), что если вы используете JQUERY в том же домене, вам не нужно загружать его второй раз на странице, которую вы загружаете в iFrame.Вы можете просто загрузить его на родительскую страницу один раз.
Я знаю, что вам, вероятно, нужно, чтобы он был доступен, когда вы тестируете страницу изолированно (т.е. не в iFrame), но вы можете отключить тег <script> перед публикацией.
У меня были ужасные проблемы с превращением javascript в iFrames в основной родительский документ и обратно в iframe (в общем), и я вспоминал, что мне приходилось делать что-то вроде parent.document, только чтобы заставить js общаться друг с другом.
Возможно, вы захотите загрузить содержимое той же страницы домена в (прокрутку) <div>, используя jquery .load(), что опять-таки избавляет от необходимости перезагружать все ваши javascript и CSS, если вы уже сделали это на родительской странице.Время от времени я находил это весьма полезным.