После этого вопроса кажется, что можно открыть файл из оболочки с IntelliJ на MAC.
IntelliJ: как открыть файлы в существующем IntelliJ из командной строки
Есть ли что-нибудь похожее для Ubuntu?
Вы можете связать файлы с IDEA_DIR/bin/idea.sh файлом. Или, что еще лучше, используйте Tools | Создать панель запуска командной строки ...
IDEA_DIR/bin/idea.sh
Tools
Затем вы можете открыть файлы в IDEA, используя следующую команду: idea FileName.java
idea FileName.java