Вам этого будет достаточно?
cat file1.csv | cut -d, -f6-
(Какое влияние должно оказать содержимое файла file2.csv?)
например,
echo "a,b,c,d,e,f,g,h" | cut -d, -f6-
f,g,h
Редактировать Кроме того, есть http://os.ghalkes.nl/dwdiff.html Это приведет к в результате совершенно разные форматы вывода, хотя