как переместить полосу прокрутки по JavaScript,
чтобы верхняя координата видимой области была y px от верхней координаты всей страницы?
См. Методы window.scrollTo и window.scrollBy.
window.scrollTo
window.scrollBy
Если вам нужна большая гибкость и мощь, чем вы, вы можете попробовать Flipper s предложение и поднять плагин jQuery.
Если вы не против, используйте библиотеку jQuery с плагином ScrollTo. Краткое демо можно найти здесь: http://demos.flesler.com/jquery/scrollTo/