.class-файлы обычно не содержат комментарии (вы можете хранить там дополнительную информацию о комментариях ... но AFAIK никто этого не делает).
Что часто присутствует, так это отладочная информация, содержащая исходные имена переменных, информацию об исходном файле и информацию о номерах строк с байтовым кодом. Это можно контролировать с помощью ключа -g для javac или атрибута отладки задачи ant javac.