Нет, по крайней мере, не так, как вы думаете. Невозможно использовать apt-get для установки нескольких экземпляров одного и того же пакета в разные места.
Тем не менее, существует довольно много веб-приложений, которые предназначены для однократной установки и запуска в разных доменах. Одна копия исходного кода, но настроенная для работы на многих виртуальных хостах, причем все используют разные конфигурации и базы данных. Таким образом, это зависит от того, какой пакет вы хотите установить.