Если вы беспокоитесь о какой-либо потере производительности, я бы порекомендовал вам профилировать ваше приложение, чтобы вы действительно могли видеть узкое место вашего приложения, а затем вернуться, если оно окажется ужасным.
Три большие текстуры атласа все еще лучше, чем многие маленькие текстуры, которые вы связываете снова и снова.