У меня была похожая проблема, когда мой тест просматривал страницу, на которой было 40 ссылок, и хотя вы могли видеть все ссылки на странице, следующее утверждение показало бы, что ссылки (и другие коллекции элементов) имели счетчикноль.
ie.Links.Count();
Я до сих пор не знаю точно, в чем заключается основная проблема, но я обнаружил, что если вы запустите Gallio Icarus / Gallio Echo / Visual Studio (или любой другой используемый вами тестовый прогон), то Правый клик -> Запуск от имени администратора тест работает, как и ожидалось, и элементы правильно загружаются в объект ie браузера.