Используете ли вы какую-то определенную библиотеку для этого или оборачиваете ffmpeg вручную?
Наилучшим подходом было бы использовать один из уже созданных упаковщиков, таких как Xuggler.VLCj был бы другой альтернативой для этого.Оба требуют собственных библиотек, но дают вам API-интерфейсы Java для упрощения задачи.