Ну, на самом деле вы создаете div с
var mainDiv = $('<div>');
, затем добавляете <div>
к нему
var div = $('<div>').appendTo(mainDiv);
Затем добавляете <input>
к <div>
$('<input type="checkbox">').appendTo(div);
Таким образом, входные данные не являются прямыми потомками mainDiv, они являются потомками, поэтому вы должны сделать
mainDiv.find('input').each