Исходя из моего опыта (с использованием VisualSVN), причина, по которой вы не можете получить доступ к хранилищу при включенной EFS, заключается в том, что служба SVN работает под другим именем пользователя (сетевая служба). Одним из решений является запуск службы SVN с использованием вашего имени пользователя. Для этого необходимо, чтобы ваша учетная запись пользователя входила в систему в качестве службы, что, вероятно, имеет другие последствия для безопасности.