Нет технической причины не делать этого. Dll-файлы takeit изначально поставлялись без файлов extmap, но, как вы говорите, их довольно легко создать.
Технически приложения используют их точно так же, приложение загружает и загружает все сжатые dll-файлы перед тем, как оно запустит приложение, точно так же, как оно будет загружать все dll-файлы, встроенные в Xap.
Тебе просто нужно быть осторожным, чтобы не возвращаться ко временам ада. Может быть сложно разместить несколько Xaps в одной папке ClientBin, которая использует разные версии DLL. Следовательно, вы действительно должны быть готовы собрать и выпустить целую папку ClientBin вместе.
Конечно, ничто не мешает вам использовать несколько папок, чтобы избежать проблем с версиями, но это уменьшит преимущество кэширования.