это зависит.
Если ваш логотип должен быть кликабельным, включите его в HMTL. (Usebility)
Если он присутствует только в дизайнерских целях, используйте CSS.
Как правило, лучше определить все, что связано с внешним видом Веб-сайта в CSS.
HTML:
<header>
<div id="company_logo"></div>
</header>
CSS:
#company_logo{
width:50px;
height:50px;
background-image:url();
}