вы не можете изменить историю репо, но вы можете создать новое репо с выборочной историей в нем, используя hg convert, но для этого потребуется, чтобы все переключались на новое репо , которое может или не может быть вопрос для вас в зависимости от того, как проект выполняется.
чтобы использовать hg convert для удаления файла, создайте файл filemap со следующим содержимым
exclude path/to/really/big/file
затем выполните команду
hg convert --filemap filemap oldrepo newrepo
Если у вас не было много удалений, вы можете найти его с помощью:
hg log --template "{file_dels} "
, который покажет все файлы, удаленные для всех коммитов