Подпишите его, а затем проверьте, что подпись действительна и есть. Я бы использовал какой-то официальный сертификат для компании, но самоподписанный подойдет.
Появился быстрый гугл:
Пошаговое руководство по цифровой подписи кода (хотя, похоже, для Office XP)
Предотвращение взлома DLL в приложениях Windows
UPDATE:
Также стоит подписать EXE.
Как отмечается в комментарии, вы никоим образом не можете помешать кому-либо, обладающему достаточными навыками, вмешиваться в ваше приложение. Все дело в управлении рисками. Как много вы хотите «рискнуть», если кто-то подделает ваше приложение. Стоит ли тратить время и силы на то, чтобы поднять планку, чтобы вам понадобился более высококвалифицированный специалист, чтобы справиться с вашим приложением? Это зависит от вас.
Я бы по крайней мере подписал все ваши файлы кода, которые вы в любом случае выпускаете. Он проверяет, что эти файлы пришли от вас и не были подделаны.