Какие проблемы с плагинами? Они вообще не найдены или не загружаются?
Когда вы запускаете Eclipse, откройте представление «Реестр плагинов», найдите плагин, который вызывает проблемы, и выберите для диагностики плагин. Это определит, есть ли некоторые зависимости, которые не удовлетворены.
Как вы установили плагины? Правильный способ сделать это - использовать сайты обновлений. Простая загрузка и распаковка в каталог плагинов не рекомендуется.
Существует также хитрость для запуска консоли OSGI для диагностики плагинов, см. Мой ответ здесь
Эта страница также может предоставить дополнительную помощь.