Для тех, кто пытается вручную изменить его, утверждение о том, что файл R.java связан, является правильным.Если вы просто измените его в манифесте, вы получите длинную последовательность ошибок «R не может быть решена» во всех ваших java-файлах, которые ссылаются на ресурсы.Чтобы исправить это, вам нужно добавить импорт для класса R в каждый из этих файлов.
Так что если у вас изначально был ваш пакет как: "com.mycomp.myapp.android" и вы изменили его на "com.mynewcomp.myapp.android "вам нужно будет зайти в каждый файл класса Java и добавить:
import com.mynewcomp.myapp.android.R;
Если вы запустите первоначально предложенную команду переименования в проекте, это будет сделанодля вас автоматически.