Первый способ, который вы предложили, на самом деле, как я это делаю. И я вполне доволен этим.
PHP:
$loadJSFiles = array();
$loadJSFiles[] = 'file1.js';
$loadJSFiles[] = 'file2.js';
$smarty->assign('loadJSFiles', $loadJSFiles);
Шаблон:
{foreach $loadJSFiles as $val}
<script type="text/javascript" src="{$val}"></script>
{/foreach}