Во-первых, глядя на операторы echo из моего build.xml, вы правы - неподписанный пакет не выровнен.
Предполагая, что вы используете самый последний SDK, я изменил build.xml, чтобы сделать дополнительный файл (projectname-release-unsigned-align.apk), например так:
Переопределить цель -set-release-mode, добавив строку между комментариями
<target name="-set-release-mode" depends="-set-mode-check">
<property name="out.packaged.file" location="${out.absolute.dir}/${ant.project.name}-release-unsigned.apk" />
<!-- NEW PROPERTY FOR UNSIGNED ALIGNED FILE -->
<property name="out.unsignedaligned.file" location="${out.absolute.dir}/${ant.project.name}-release-unsigned-aligned.apk" />
<!-- NEW PROPERTY FOR UNSIGNED ALIGNED FILE END -->
Затем добавьте к цели выпуска строку между НОВЫМИ комментариями zip
<!-- Zip aligns the APK -->
<zipalign-helper in.package="${out.unaligned.file}"out.package="${out.final.file}" />
<!-- NEW Zip aligns the unsigned APK -->
<zipalign-helper in.package="${out.packaged.file}" out.package="${out.unsignedaligned.file}" />
<!-- NEW Zip aligns the unsigned APK END -->
Это должно дать вам этот дополнительный неподписанный и выровненный файл. Я не проверял полученный APK, но он выглядит довольно просто изменить