Из того, что я собираю, вы хотите что-то вроде этого:
cmds = [path_to_program, arg1, arg2]
subprocess.Popen(cmds)
тогда, если вы хотите перебрать много, что-то вроде:
cmds = [('file1', 'file4'), ('file2', 'file4'), ('file3', 'file4')]
for arg1, arg2 in cmds:
subprocess.Popen([path_to_program, arg1, arg2])