Одним из преимуществ является то, что при установке в качестве службы вы можете ограничить привилегии (доступ для чтения / записи в каталогах, доступ к сети, это, конечно, означает лучшую безопасность) для учетной записи, которая ее запускает (по умолчанию используется LocalSystem
учетная запись на Windows, вы можете узнать больше об этом здесь ).
И, как указал администратор, вы также можете поддерживать работу сервиса без постоянного входа в систему.