Вам нужно будет добавить эти jar-файлы в classpath вашего Java-процесса, когда вы его запустите. Например,
java -classpath lib/log4j.jar;lib/slf4j.jar;lib/bonecp.jar [your_class]
Предполагается, что файлы находятся в каталоге с именем lib, который находится в каталоге, из которого вы выполняете команду Java.