Вы должны явно восстановить Javadoc, чтобы изменения были отражены. Генерация Javadoc не происходит автоматически как часть стандартной сборки, а также не происходит при компиляции для каждого файла, которая происходит при сохранении, если у вас установлен этот параметр.
Чтобы явно сгенерировать Javadoc, щелкните правой кнопкой мыши проект и выберите «Создать Javadoc» или выберите ту же запись в меню «Выполнить». Назначьте ему комбинацию клавиш, если вы хотите более быстрый доступ к ней.
Вероятно, вы можете добавить генерацию Javadoc в стандартную сборку, настроив файл Ant 'build.xml', но я сомневаюсь, что это повлияет на компиляцию при сохранении для каждого файла. Вероятно, это еще один раздел файла сборки.