Есть ли в BoneCP какой-либо механизм (то есть конфигурация), который позволит автоматически повторно подключаться к базе данных MySQL, если база данных была переведена в автономный режим и перезапущена
Да - посмотрите на функциюactionReplay (но не используйте ее, если вы используете Hibernate)