если вы хотите, чтобы div исчез, попробуйте
$('#div').slideUp('slow');
О возможностях этой функции вы можете прочитать здесь: http://api.jquery.com/slideUp/
не уверен, почему я получил -1 за ответ на вопрос. после прочтения вашего редактирования вы можете попробовать что-то вроде этого
var newTop=(0 - $('#div').height());
$('#div').animate({
top: newTop+'px',
opacity : 0
}, 1000);
это также должно работать
var newTop=($('#div').offset().top+ $('#div').height());
$('#div').animate({
top: '-=' +newTop+'px',
opacity : 0
}, 1000);