Удивительно, но вы не можете отключить переименование файлов / создание новых каталогов из самого JFileChooser.Как вы правильно поняли, вам нужно вместо этого отключить эту «функцию» FileChooser из UIManager.
Вот фрагмент кода, который может помочь:
http://www.coderanch.com/t/555535/GUI/java/FileChooser-readOnly
Boolean old = UIManager.getBoolean("FileChooser.readOnly");
UIManager.put("FileChooser.readOnly", Boolean.TRUE);
JFileChooser fc = new JFileChooser(".");
UIManager.put("FileChooser.readOnly", old);
Ключевым моментом является установка «FileChooser.readOnly» ПЕРЕД созданием средства выбора файлов.