У меня была точно такая же проблема, и я решил ее, применив пользовательский переход.
@implementation LoginSegue
- (void) perform {
NSLog(@"Do the segue you way");
UIViewController *src = self.sourceViewController;
UIWindow *window = src.view.window;
[window addSubview:[self.destinationViewController view]];
window.rootViewController = self.destinationViewController;
}
@end
Кажется, это сработало для меня. Я надеюсь, что это приемлемое решение, когда я отправляю код в Apple.