Xcode версия не имеет значения. Важна версия iOS SDK.
Вы действительно можете использовать любую версию iOS SDK. Все, что разработано с любой версией SDK, должно быть совместимо как с 4.0, так и с 4.3.
Если вам нужно использовать определенные функции iOS 4.0, которые недоступны в предыдущих версиях, то вам нужно использовать 4.0 или более позднюю версию SDK.
Как правило, вы всегда должны использовать самую последнюю версию SDK, но установите в свойствах вашей цели все, что поддерживает самая ранняя версия iOS, поддерживаемая вашим приложением.