Обфускация обычно также минимизирует сценарий, однако, если вы сжимаете ресурсы независимо от того, какие файлы (js файлы, css файлы, html коды) на сервере, используя gzip, вы можете сэкономить большую пропускную способность, и ваш сайт загружается быстрее.
Что касается вашего второго вопроса, да, подпись ваших методов остается неизменной при использовании любого вида запутывания
Стоит отметить, что Asp.Net 4.5 поставляется со встроенным Связыванием и минимизацией , что избавляет от множества проблем с минимизацией файлов JS.