По умолчанию, когда вы сохраняете свой код в процессе редактирования, Flash Builder выполняет перестройку вашего проекта, и если у вас есть какие-то ошибки в файле (например, незавершенные строки), он показывает их в виде красных маркеров.
Если вы хотите управлять процессом сборки вручную, вы можете перейти в меню Project и отменить выбор Build Automatically. Теперь вы можете запустить процесс сборки вручную, чтобы показывать маркеры ошибок, когда захотите. Просто зайдите в то же самое меню Project и выберите Build project. Вы даже можете назначить сочетание клавиш для этой операции.
Надеюсь, это поможет!