Я никогда раньше не использовал эту библиотеку, но из вашего примера кода кажется, что вы захватываете не конкретное окно, а весь экран.
похоже, вы хотите использовать функцию
public void CaptureWindowToFile(IntPtr handle, string filename, ImageFormat format)
и передайте ему дескриптор окна приложения, которое вы хотите захватить. Кажется, вы можете использовать это в любом количестве окон с библиотекой, это просто вопрос получения дескриптора правильного окна.