Используйте MsiProperty дочерний элемент для каждого MsiPackage, чтобы указать INSTALLLOCATION = [BurnVariable]. Затем используйте Engine.StringVariables, чтобы установить BurnVariable.
Например, в вашем комплекте вы установили:
<Bundle ...>
<Variable Name='BurnVariable' Value='bar' />
...
<Chain>
<MsiPackage Source='path\to\your.msi'>
<MsiProperty Name="INSTALLLOCATION" Value="[BurnVariable]" />
</MsiPackage>
</Chain>
</Bundle>
См. Также объяснение FireGiant по этой теме.
Затем в управляемом загрузчике вы можете сделать что-то похожее на это:
Engine.StringVariables["BurnVariable"] = "C:\program files\MyApp";