Чтобы создать собственный исполняемый файл win32 из управляемой программы, вам понадобится оружие на намного больше. Ngen.exe просто предварительно компилирует IL, CLR и исходные сборки все еще необходимы для запуска программы.
Необходимый инструмент был довольно популярен в первые годы .NET, когда программисты беспокоились о том, чтобы установить .NET Framework на целевой машине. Они известны как ".NET linkers", Salamander был популярен. Не знаю, не отставал ли он от версий .NET, вы определенно хотите сначала проверить пробную версию. Также остерегайтесь значительного шока от наклеек, от которого вы будете страдать.