К сожалению, нет способа сжать эти файлы после выделения места. Однако MySQL будет повторно использовать пространство при добавлении новых данных, но файл не будет уменьшаться.
Чтобы уменьшить размер, вам нужно сбросить базы данных, а затем восстановить их снова.
Вы также можете сделать следующее:
Установите innodb_file_per_table в вашем конфигурационном файле, который создаст отдельный файл для каждой таблицы. Это позволит вам удалить эти файлы после удаления базы данных, а также использовать команду OPTIMIZE TABLE для восстановления файлов ibd, если вы сжимаете данные в конкретной таблице.